Han pasado dos años desde el ataque del CCG contra Anteiku. Aunque el ambiente en Tokio ha cambiado drásticamente debido a la mayor influencia del CCG, los ghouls siguen planteando un problema ya que han comenzado a tomar precauciones, especialmente la organización terrorista Aogiri Tree, que reconoce la creciente amenaza del CCG para su existencia.

La creación de un equipo especial, conocido como Quinx Squad, puede proporcionar al CCG el impulso que necesitan para exterminar a los residentes no deseados de Tokio. Como humanos que se han sometido a cirugía para utilizar las habilidades especiales de los demonios, participan en operaciones para erradicar las criaturas peligrosas. El líder de este grupo, Haise Sasaki, es un medio ghoul, mitad humano que ha sido entrenado por el afamado investigador de clase especial, Kishou Arima. Sin embargo, hay más en este joven de lo que parece, ya que los recuerdos desconocidos se clavan en su mente, lentamente le recuerdan a la persona que solía ser.