La historia trata de un joven llamado Kenshin Himura, el mayor hitokiri (asesino) que luchó junto a los Ishin Shishi (patriotas de la restauración contra el Bakufu (gobierno del Shōgun) durante el Bakumatsu), apodado Hitokiri Battousai. Finalizados los disturbios este joven se promete no volver a matar gente y comienza a vagabundear por el país. Para poder pagar de alguna forma los asesinatos que cometió decide proteger a las personas a su alrededor estilo de kenjutsu más aterrador y poderoso que ha existido: el Hiten Mitsurugi Ryū. El mismo fue aprendido gracias al adiestramiento de su maestro Hiko Seijūrō. Para poder utilizar este estilo de esgrima mortal sin matar a su oponente, Kenshin empuña una Sakabatou, una katana con el filo y el lado romo invertidos.